Les études sur le microbiote sont en pleine expansion depuis les années 2000. Le microbiote intestinal est un organe à part entière, qui pèse 2 kg : plus que le cerveau (1,5 kg). Il est constitué de milliards de micro-organismes : bactéries (400 à 1 200 espèces, notamment des Firmicutes, Bacteroïdetes, Actinobacteries), champignons, protozoaires et de virus ; soit 3 millions de gènes environ (le métagénome, 150 fois plus important que le génome de l'hôte humain).