Passée la phase aiguë, le chikungunya peut laisser des phénomènes douloureux, à la fois d’origine neurologique (syndrome du canal carpien, neuropathies des petites fibres avec dysfonctionnement sphinctérien, paresthésies), rhumatismale (atteintes articulaires, tendinopathies, bursites, arthrites), ainsi qu’une éruption cutanée.