De multiples maladies rares digestives sont traitées par corticothérapie. C'est le cas, notamment des maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI) : maladie de Crohn et rectocolite hémorragique ; des colites indéterminées (colites dont le phénotype est proche des MICI et pour lesquelles il existe des gènes de prédisposition) et des entéropathies auto-immunes. En pédiatrie, les patients traités par corticoïdes suivent, parfois, un régime pauvre en glucide et en sodium et riche en potassium.