Le groupe français de transplantation fécale a publié sur son site web www.gftf.fr des recommandations. Aujourd’hui la seule indication de soin de la transplantation fécale reste les infections récidivantes à Clostridium difficile. Des données émergent sur son intérêt dans des formes graves d’infection à Clostridium difficile qui ne répondent pas aux traitements conventionnels.