Il existe d'énormes variations interindividuelles entre les microbiotes et la définition même de « microbiote sain » varie selon l'âge, l'individu, le mode de vie, etc. Aussi, les scientifiques veulent-ils trouver des facteurs explicatifs, afin de résoudre la « crise de reproductibilité » que traverse la recherche sur le microbiote.