En raison des particularités du transit des nourrissons, éminemment variable chez un bébé, et d’un nourrisson à l’autre, une diarrhée chronique est définie par des selles « fréquentes » associées à une prise de poids insuffisante. À l’origine d’une diarrhée chronique, soit des pathologies extrêmement rares, constitutionnelles ou inflammatoires, du nourrisson, soit, beaucoup plus communes, deux maladies : l’allergie aux protéines du lait de vache (APLV) et la diarrhée post-infectieuse.