Près de la moitié des encéphalites infectieuses n'ont pas de diagnostic étiologique. Ceci soulève deux hypothèses. La première étant que certaines, qui sont soupçonnées d'être infectieuses ne le sont pas, la seconde qu'il existe des agents pathogènes qu'on ne trouve pas. Récemment, tous les prélèvements de LCR effectués lors d'une encéphalite supposée infectieuse (patients inclus dans une étude au cours de l’année 2007) ont été analysés à l'Institut Pasteur. Sans résultat.