La majorité des infections des voies respiratoires hautes chez l'enfant est d'origine virale. Les principales bactéries impliquées dans les sinusites et les otites moyennes aiguës purulentes de l'enfant sont le Streptotoccus pneumoniae (pneumocoque), l'Haemophilus influenzae, et Branhamella catarrhalis. La distinction entre infection bactérienne et virale est parfois difficile à établir, alors même qu'elle conditionne la prescription et la justesse du traitement antibiotique.