Microbiote : mieux informés, des Français à mobiliser pour la recherche

Mettre le pied à l’étrier. En 2025, les Français sont plus familiers avec la notion de microbiote, même s’ils manquent de connaissances sur sa diversité, ses fonctions et sa contribution à la santé humaine, d’après la troisième enquête annuelle de l’Observatoire international du microbiote (initiative du Biocodex Microbiota Institute en collaboration avec Ipsos). Le projet de recherche French Gut fait appel aux professionnels de santé pour informer et inciter leurs patients à participer à ces travaux. Les chercheurs souhaitent encore inclure 75 000 personnes d’ici à 2029.

Un tiers des Français connaît la signification du mot microbiote (32 %, +5 % depuis 2023). Ils sont surtout au fait du microbiote intestinal (31 % savent qu’il existe, + 3 % depuis 2023) et vaginal (24 % savent qu’il existe, + 5 % depuis 2023). Près de 80 % savent que l’alimentation influence son équilibre, et 74 % qu’il joue un rôle dans l’immunité. Mais plus de la moitié ne sait pas que le microbiote ne se cantonne pas à l’intestin.

Surtout, un écart existe entre les connaissances et ce qu’il en ressort. Au global, si les Français ont une bonne connaissance des comportements néfastes ou bénéfiques pour le microbiote, trop peu changent leurs habitudes de vie (alimentation équilibrée, activité physique, réduction des produits ultra-transformés) en conséquence (45 % contre 56 % dans le monde).

Un guide des pré et probiotiques par l’Organisation mondiale des gastro-entérologues

Même en cas de prescription d’antibiotiques, aux effets délétères sur le microbiote connus, les patients ne se disent pas suffisamment informés. Seuls 19 % des Français ont reçu l’ensemble des informations sur les éventuels troubles digestifs induits, les conséquences néfastes sur l’équilibre du microbiote et les conseils pour les limiter.

« S’il est évident que les probiotiques ne se valent pas tous, cela ne doit pas jeter le discrédit sur ceux démontrés efficaces », explique Joël Doré, directeur de recherche à l’Institut national de la recherche agronomique et coordinateur scientifique du projet Le French Gut. Il cite notamment un rapport de l’Organisation mondiale des gastroentérologues qui hiérarchise les probiotiques et prébiotiques selon leur niveau de preuve, afin de guider les professionnels de santé dans leurs recommandations.

Le projet French Gut étudie les microbiotes des Français

S’il existe des tests du microbiote, ils ne sont pas assez robustes pour le moment, estime Joël Doré. Pour pouvoir intégrer de tels tests en médecine, des recherches sont encore nécessaires à partir des données d’un grand nombre de personnes. Les résultats du projet de recherche participative Le French Gut, porté par l’unité MetaGenoPolis-Inrae, en collaboration avec l’AP-HP, pourront apporter des réponses. L’équipe de Joël Doré cherche à recruter quelque 100 000 volontaires d’ici à 2029 qui fourniront un échantillon de selles afin de cartographier les microbiotes français. L’objectif est de mieux comprendre la diversité du microbiote intestinal et ses liens avec l’alimentation, l’environnement, les modes de vie et les maladies chroniques.

Quelque 25 000 personnes sont déjà incluses et des résultats préliminaires devraient paraître à l’automne 2025. Le French Gut appelle la population française à participer et invite les professionnels de santé à en informer leurs patients en mettant à disposition un kit de communication sur leur site. L’enquête de l’Observatoire international du microbiote montre en tout cas un intérêt prometteur de la population française dans ce domaine puisque 46 % se déclarent prêts à réaliser un don de selles pour la recherche scientifique, la proportion étant plus importante chez ceux les plus sensibilisés au microbiote et son importance.