Regroupé au sein de la Fédération des spécialités médicales (FSM), le CNPR s’organise autour d’un conseil d’administration et de ses membres représentants. Il est constitué de trois structures partenaires : la Société française de rhumatologie (SFR) qui promeut le progrès scientifique, le Syndicat national des médecins rhumatologues (SNMR) qui représente les intérêts professionnels et le Collège français des enseignants en rhumatologie (COFER) qui met à jour l’enseignement.