Avec environ 100 000 milliards de micro-organismes, le microbiote intestinal est composé de 500 à 1 000 espèces bactériennes différentes (dont principalement Firmicutes, Bacteroidetes, Proteobacteria et Actinobacteria). Si cette flore intestinale, dont l'acquisition débute dès la naissance, reste relativement stable au cours du temps, son équilibre peut néanmoins être perturbé par différents facteurs (âge, stress…) et créer une dysbiose, impliquée dans un grand nombre de maladies (cancer colorectal et diabète notamment).