Une recombinaison issue de deux animaux

L'origine du pangolin et de la chauve-souris se précise pour le SARS-CoV-2

Par
Damien Coulomb -
Publié le 31/03/2020

Les chercheurs travaillent à marche forcée pour comprendre l'origine du SARS-CoV-2 responsable de l'épidémie actuelle de Covid-19. Une étude publiée dans « Nature » se prononce en faveur d'une recombinaison entre un coronavirus propre à la chauve-souris et un autre originaire du pangolin.

la fusion entre deux bêtacoronavirus

la fusion entre deux bêtacoronavirus
Crédit photo : Phanie

Des chercheurs ont retrouvé, dans des pangolins de Malaisie, un coronavirus très proche de celui responsable de l'épidémie de Covid-19. Cette découverte relatée dans la revue « Nature » par une équipe internationale conforte l'idée que le pangolin puisse être l'hôte intermédiaire au sein duquel une recombinaison entre plusieurs coronavirus animaux a donné naissance à un virus transmissible à l'homme et très contagieux.

Capturés dans le cadre d'une opération menée contre des réseaux de contrebande dans le sud de la Chine, les animaux étaient porteurs de virus dont le génome ARN a été séquencé. Des sous-types ont ainsi été identifiés dont l'un d'eux présentait de fortes similarités avec le SARS-Cov-2 au niveau de son site de liaison au récepteur, ce qui renforce la thèse selon laquelle le pangolin a joué un rôle d'hôte intermédiaire dans la pandémie actuelle.

L'étau se resserre

Pour le responsable du laboratoire Génomique évolutive des virus à ARN à l'Institut Pasteur, Étienne Simon-Lorière, l'étau se resserre autour du pangolin et de la chauve-souris, mais « il faut encore reconstituer quelques étapes pour avoir le scénario complet », précise-t-il.

Selon une analyse récente (2) de la distance génétique entre les virus circulant chez ces deux hôtes et celui chez l'homme, le SARS-CoV-2 proviendrait de la fusion entre un bêtacoronavirus de la chauve-souris et un bêtacoronavirus du pangolin. Le virus provenant de la chauve-souris est très proche de celui qui circule chez l'homme, (génome identique à 96 %) à l'exception notable d'un segment de six acides aminés de la spicule (aussi appelée protéine spike). Cette séquence courte serait responsable de sa liaison avec le récepteur de l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE 2), qui favoriserait sa transmission à l'homme. C'est ce petit fragment génétique, qui aurait été apporté par le bêtacoronavirus du pangolin. Ce type de recombinaison est fréquent dans les virus ARN, qui se reproduisent très rapidement en faisant beaucoup d'erreurs dans la réplication de leur matériel génétique.

« Cette étape aurait pu intervenir chez la souris ou chez le pangolin, poursuit Étienne Simon-Lorière. Il manque encore la preuve définitive. On n'a pas encore capturé l'animal porteur du chaînon manquant qui a transmis le SARS-CoV-2 à l'homme. Je ne pense pas qu'on y arrive un jour, car les animaux en question doivent être morts depuis ». Le chercheur rappelle que ce type de travail de recherche avait été entrepris avec le virus Ebola en Afrique de l'Ouest, sans succès.

Ces mécanismes de recombinaison sont-ils susceptibles d'affecter le SARS-CoV-2 responsable de l'épidémie actuelle ? Pour Étienne Simon-Lorière, cette hypothèse est peu probable. « Il faudrait que deux coronavirus différents se rencontrent chez un hôte humain pendant la courte période d'une infection, explique-t-il. C'est un événement improbable, contrairement à ce qu'on trouve chez l'animal où la variété de coronavirus est très importante. »


(1) T Tsan-Yuk Lam, Nature, DOI:https://doi.org/10.1038/s41586-020-2169-0, 2020
(2) K Andersen, Nature Medicine, DOI:https://doi.org/10.1038/s41591-020-0820-9, 2020

Damien Coulomb

Source : Le Quotidien du médecin