Épidémie de choléra au Yémen : la génomique apporte de nouveaux éléments

Par
Charlène Catalifaud -
Publié le 07/01/2019
cholera yemen

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Crédit photo : AFP

Le Yémen connaît depuis 2016 une épidémie de choléra : plus d'un million de personnes ont été malades, et 2 300 en sont décédées. Des chercheurs de l'Institut Pasteur, en collaboration avec des institutions internationales, ont étudié cette épidémie sous le spectre de la génomique, apportant un nouvel éclairage. Ils ont notamment montré que les deux vagues d'épidémie survenues successivement en 2016 et 2017 avaient pour origine la même souche de Vibrio choleraeLeurs résultats sont publiés dans « Nature ».

Deux épidémies, une même souche

Le Yémen a connu une première épidémie de faible intensité entre septembre 2016 et avril 2017, et une seconde, plus marquée, qui a démarré en avril 2017. « Jusqu'à présent, nous n'avions pas d'outils fiables pour relier entre elles deux épidémies, indique au « Quotidien » le Dr François-Xavier Weill (Institut Pasteur), premier auteur de l'étude. Le séquençage génétique, grâce à l'étude de l'accumulation des mutations au fil du temps, permet de mettre en évidence le lien phylogénétique entre les bactéries et ainsi d'étudier la propagation de la bactérie. »

En analysant 1 200 échantillons bactériens provenant de pays d'Asie du Sud, du Moyen-Orient et d’Afrique, les chercheurs ont montré que les deux vagues épidémiques ont été causées par la même souche, qui provient d'Afrique de l’Est (Ouganda, Tanzanie et Kenya). « La différence d'intensité entre les deux vagues peut s'expliquer par d'autres facteurs : conditions météorologiques, contexte humain… », précise le chercheur.

Mettre en place un réseau de surveillance international

Ces analyses ont également montré un profil atypique de Vibrio cholerae. « Nous avons été surpris de constater que la lignée qui circule est très sensible aux antibiotiques et aux polymyxines, alors que depuis les années 1960, les vibrions cholériques développent des résistances, souligne le chercheur. Alors qu'on aurait pu penser qu'il s'agit de la réémergence d'une souche ancienne, il s'agit en fait d'une lignée récente ayant perdu cette résistance. »

La génomique permet ainsi de mieux comprendre les épidémies. « Il serait intéressant de mettre en place un réseau de surveillance à l'échelle mondiale basée sur la génomique afin d'avoir une carte des souches qui circulent, indique François-Xavier Weill. Nous le faisons déjà à notre échelle. »


Source : lequotidiendumedecin.fr