Il existe plus de 8 millions de gènes différents dans le microbiote, qui ont été séquencés (lire page suivante).

Seuls 10 % de ces gènes sont communs à tous les êtres humains (soit 57 espèces retrouvées chez plus de 90 % de la population), alors que 50 % partagés par la moitié de la population.

Actuellement, trois entérotypes ont été définis chez l’adulte. Comme les groupes sanguins, ils sont stables chez l’individu et correspondent à la prédominance d’un grand groupe bactérien (Bacteroïdetes, Firmicutes...).