Les HPV sont aussi impliqués dans 90 % des cancers du pénis. La vaccination ciblant le HPV 16 est susceptible d’entraîner une nette réduction de ces cancers. Le HPV est également présent dans un tiers des cancers de l’urèthre, chez l’homme comme chez la femme, et dans les cancers de la vessie, qui touche quatre fois plus souvent les hommes. La prévalence du HPV en cas de cancer vésical est de 12,4 %, comparativement à 3 % en l’absence de cancer.