En 2007, plusieurs antifongiques systémiques sont disponibles à l'hôpital : amphotéricine B et ses dérivés lipidiques (complexe lipidique et amphotéricine B liposomale), 5-fluorocytosine, fluconazole, itraconazole, voriconazole, posaconazole, caspofungine. Deux nouveaux venus devraient les rejoindre dans les prochaines années (micafungine, anidulafungine). Ces molécules qui agissent sur des cibles distinctes (membrane cellulaire, paroi, synthèse de l'ergostérol, synthèse protéique) permettent de traiter des infections fongiques aux agents très divers.