Par crainte de possibles transferts de données personnelles (dont de santé) vers les États-Unis, un collectif de 18 organisations et personnalités dont le Syndicat de la médecine générale avait lancé une requête devant le Conseil d'État pour suspendre le traitement et la centralisation des données au sein du Health Data Hub. Depuis début 2019, le gouvernement avait choisi dans la plus grande discrétion de confier l'hébergement des données à Microsoft Azure, la branche de service en ligne du géant américain. Réponse du Conseil d'État le 14 octobre, « les données personnelles hébergées aux Pays-Bas dans le cadre d’un contrat avec Microsoft ne peuvent légalement être transférées en dehors de l’Union européenne. Si le risque ne peut être totalement exclu que les services de renseignement américains demandent l’accès à ces données, il ne justifie pas, à très court terme, la suspension de la Plateforme, mais impose de prendre des précautions particulières, sous le contrôle de la Cnil ».
Accord Privacy Shield
L'origine de la requête de ce collectif provient de la décision de la Cour européenne de justice en juillet dernier. Elle a invalidé l'accord Privacy Shield, la base légale sur laquelle s'appuyait Microsoft et d'autres entreprises américaines pour transférer certaines données vers ses serveurs sur le territoire américain. Commentaire du Conseil d'État, l'accord signé entre la Plateforme des données de santé et Microsoft stipule qu'ils se sont engagés, par contrat, à refuser tout transfert de données de santé en dehors de l’Union européenne. Enfin, un arrêté ministériel pris le 9 octobre 2020 interdit tout transfert de données à caractère personnel dans le cadre de ce contrat. Pour mettre fin à cette polémique et suite à la décision de la Cour de justice européenne, le secrétaire d'État au Numérique Cédric O' a annoncé qu'il travaillait avec Olivier Véran, le ministre de la Santé pour rapatrier cette plateforme sur des infrastructures françaises, voire européennes.
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