La transplantation pulmonaire est un geste complexe, dont les résultats sont moins bons que ceux rapportés dans les greffes d'autres organes solides, avec une survie à 5 ans de l'ordre de 50 %.

La grande surface d'exposition à l'environnement extérieur, faisant le lit d'infections opportunistes, les flux sanguins élevés et la présence de nombreuses cellules présentatrices d'antigènes sont autant de facteurs favorisant le rejet du greffon. Ce dernier constitue la principale complication à court terme, la bronchiolite oblitérante étant la première cause d'échec à long terme.