Des manifestations auto-immunes touchent environ un tiers des patients traités. « Il peut s'agir de dysthyroïdies, avec une hyper puis hypothyroïdie à substituer à vie. Des colites auto-immunes, avec diarrhées importantes (à ne surtout pas confondre avec une gastro-entérite). Une hospitalisation s'impose alors pour vérifier qu'il n'y a pas une autre cause (rectosigmoïdoscopie avec biopsies) avant de débuter une corticothérapie, rapidement efficace. Moins souvent, c'est une pneumopathie immunoallergique qui nécessite aussi une corticothérapie.