En plus de ses effets sur l’horloge biologique, la mélatonine possède d’autres propriétés : modulation de l’humeur et du système immunitaire, régulation de la température corporelle et de la motricité intestinale, action vasodilatatrice, vasoconstrictrice et pro-inflammatoire. Ces effets physiologiques peuvent, dans certaines conditions, ou lors d’interaction avec d’autres substances, conduire à l’apparition d’effets indésirables.