Les points faibles des CAR T-cells sont les effets secondaires et en particulier le syndrome de libération de cytokines appelé encore « orage cytokinique », dans les quelques jours suivant le traitement. « Cela correspond à la lyse massive de cellules tumorales, explique Eric Tartour, et par conséquent au relargage massif de cytokines conduisant à un syndrome inflammatoire systémique ; ce syndrome peut être à l’origine de neurotoxicité, voire des décès. On observe aujourd’hui avec les dernières générations de CAR T-cells environ 40% de grade 3.