En 2014, 23 % des postes de médecins scolaires étaient vacants, selon le ministère de l’Éducation nationale.
Le syndicat national des médecins scolaires et universitaires (SNMSU-UNSA Éducation) recensait jusqu’à 350 postes non occupés. À la rentrée 2015, les effectifs sont passés sous la barre des 1 000 médecins scolaires. Chaque praticien doit assurer le suivi de 12 000 élèves, voire 19 000 dans les territoires désertés.
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