Dans un rapport, la Cour des comptes met au jour une nette augmentation des arrêts de travail dans la fonction publique hospitalière entre 2014 et 2019, en dépit du rétablissement de la journée de carence depuis janvier 2018. Les données montrent la tendance dynamique des arrêts maladie de +1,4 jour par agent entre 2014 et 2019 (+12 %). Ce qui correspond à une moyenne de 14,4 jours par an, contre 7,4 jours dans la fonction publique d'État et 13,7 dans la fonction publique territoriale.
L'hôpital public comptabilise ainsi 15 731 482 journées non travaillées, soit l'équivalent de 69 608 temps plein et pour un budget de 3,2 milliards d'euros. En revanche, la Cour des comptes n'a pas su évaluer le coût des heures des remplacements par des vacataires ou des heures supplémentaires effectuées par d'autres agents.