Le nombre considérable de variants du VIH1 est en faveur de l'existence de recombinaisons génétiques à l'intérieur des cellules coïnfectées par deux souches de VIH1. La coïnfection par deux souches virales distinctes, à deux moments différents dans l'histoire de la maladie, répondant à la définition de « superinfection » à VIH, est une autre éventualité qui n'a jamais été totalement prouvée.