POUR LA DEUXIÈME fois en moins d'un mois (« le Quotidien » du 14 septembre 2005), une publication chinoise semble indiquer que les chauves-souris seraient le réservoir des coronavirus à l'origine du sras (sras-CoV). Si, dès 2003, grâce à un effort de collaboration internationale, il avait été possible de déterminer l'origine des pneumopathies atypiques qui ont touché d'abord le continent asiatique, puis différentes régions du globe, l'origine exacte du virus restait encore ignorée. En effet, si les civettes ont d'abord été incriminées, des analyses complémentaires ont ensuite prouvé que les infections étaient limitées aux seuls marchés d'animaux vivants et que cet animal ne pouvait constituer le foyer naturel des coronavirus.
Sang, selles, sécrétions nasales.
Puisque les chauves-souris représentent un réservoir de différentes zoonoses virales, dont celles liées aux virus Nipah et Hendra, des zoologues chinois ont procédé entre mars et décembre 2004 à une recherche de coronavirus sur 408 spécimens capturés dans quatre régions de Chine. Les animaux appartenaient à 9 espèces, 6 genres (Roussettus, Cynopterus, Myotis, Rhinolophus, Nyctalus et Miniopterus) et trois familles distinctes de chauves-souris vivant en liberté. Les investigateurs ont procédé à une analyse du sang, des selles et des sécrétions nasales.
Des anticorps anticoronavirus ont été détectés chez 28 à 71 % des animaux, ce qui, pour les auteurs, tend à signifier que les chauves-souris représentent le réservoir des coronavirus. L'examen direct a, en outre, permis de retrouver par PCR cinq souches distinctes de coronavirus, dont les gènes de nucléocapside (N) et de polymérase (P) ont été comparés avec ceux des coronavirus déjà analysés (en particulier le sras-CoV). Il apparaît qu'il existe, selon les virus, une concordance génique allant de 92 à 100 % pour les régions N et P. Pour les protéines S, E et M, la concordance était évaluée entre 96 et 100 %. Seule la séquence du gène S1, impliqué dans la fixation aux récepteurs, n'était similaire qu'à 64 %.
Outre ces cinq gènes présents dans tous les génomes de coronavirus, les auteurs ont analysé les phases de lecture ouvertes (ORF) situées entre le gène P et l'extrémité 3' du génome codant pour des protéines non structurelles. Si la fonction exacte de ces régions reste encore mal connue, la localisation et la séquence des ORF sont spécifiques du groupe ou du virus. La composition des ORF peut donc apparaître comme un marqueur de l'évolution du genre viral. Le sras-CoV est doté d'une composition unique en ORF qui n'est partagée par aucun autre coronavirus, mais elle est assez proche de celle de l'une des souches individualisées chez les chauves-souris chinoises, SL-CoV, confirmant ainsi la relation génétique proche entre ces deux virus.
« Sciencexpress » publié en ligne le 29 septembre 2005.
Pause exceptionnelle de votre newsletter
En cuisine avec le Dr Dominique Dupagne
[VIDÉO] Recette d'été : la chakchouka
Florie Sullerot, présidente de l’Isnar-IMG : « Il y a encore beaucoup de zones de flou dans cette maquette de médecine générale »
Covid : un autre virus et la génétique pourraient expliquer des différences immunitaires, selon une étude publiée dans Nature