La variole étant éradiquée depuis 1980, la question de la destruction des derniers échantillons restants, détenus officiellement dans deux laboratoires, un américain (CDC d’Atlanta) et un russe (Institut d’État de virologie et de biotechnologie, à Koltsovo), se pose régulièrement. En 1986, les États membres de l’OMS ont estimé cette destruction nécessaire, mais les États-Unis et la Russie plaident pour leur conservation à fin de recherches, pour faire face à une éventuelle résurgence de la maladie ou à une utilisation du virus comme arme biologique.
Le sujet était donc une nouvelle fois à l’ordre du jour de l’assemblée générale de l’OMS. Un projet de résolution pour la conservation des stocks, présenté par les Américains et les Russes, était soutenu notamment par l’Union européenne, le Canada, Israël, la Colombie et la Chine. « Nous pensons que nous n’avons pas encore de garantie suffisante sur l’efficacité et la préparation des vaccins », a fait valoir le délégué russe, en jugeant nécessaire de « redoubler de prudence sur une question qui concerne la sécurité de l’humanité tout entière ». Mais une vingtaine de pays (Afrique du Nord, Thaïlande, Zimbabwe, Malaisie...), emmenés par l’Iran, se sont violemment opposés à la résolution, réclamant la destruction immédiate des échantillons. Après un jour et demi de discussions très houleuses, il a finalement été décidé de reporter la décision à... 2014, lors de la 67e Assemblée générale de l’OMS.
En France, il existe un plan de réponse à une menace de variole : décidé après les attentats du 11 septembre 2001 aux États-Unis, il a été publié en 2003 et actualisé en 2006.
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