De notre correspondante
à New York
« Nous sommes des bio-informaticiens ; nous ne pouvons donc pas évaluer les médicaments dans des expériences, mais nous pouvons exploiter la vaste somme de données biologiques et utiliser des outils informatiques pour analyser le génome du virus du SRAS dont la séquence a été publiée », explique au « Quotidien » Leszek Rychlewski qui a mené cette étude au BioInfoBank Institute de Poznan, en Pologne.
L'équipe a utilisé un nouvel outil, le système de « jugement par jury 3D », qui permet de prédire avec une grande sensibilité la structure et la fonction des protéines codées par l'ARN viral.
Parmi leurs découvertes les plus intéressantes, les chercheurs ont réussi à attribuer une structure fonctionnelle de méthyltransférase à la protéine nsp13 du coronavirus du SRAS. Jusqu'à présent, les méthodes standard de comparaison des séquences n'avaient pas permis de comprendre la fonction de cette protéine. De plus, la présence d'un motif conservé caractéristique (4 acides aminés) leur permet de préciser que c'est une méthyltransférase cap-1 d'ARNm.
Empêcher la méthylation de l'ARN viral
Des enzymes similaires existent dans d'autres virus et sont indispensables à leur bonne réplication. Cette enzyme, en méthylant l'ARNm, le rend plus stable. Les chercheurs en déduisent l'existence d'une autre enzyme virale similaire, une méthyltransférase cap-0 d'ARNm. Empêcher cette méthylation d'ARN viral pourrait constituer une stratégie pour déstabiliser et combattre le virus.
Or il existe déjà des médicaments qui inhibent les fonctions de ces enzymes. Les deux méthyltransférases (cap-1 et cap-0), déclarent les chercheurs, peuvent être inhibées par des analogues carbocycliques d'adénosine, comme la néplanocine A ou la 3-désazanéplanocine A. Ces agents pourraient être utilisés en complément d'autres stratégies antivirales.
« Je pense qu'un cocktail de plusieurs agents ciblant différentes fonctions du virus pourrait constituer le meilleur traitement », déclare au « Quotidien » Leszek Rychlewski. « Les fonctions connues encodées par le virus sont : la RNA-polymérase, l'hélicase, la protéase et la protéine que nous décrivons, la Mtase (méthyltransférase). »
, ajoute-t-il.
Des méthodes de prédiction structurelle
L'équipe envisage maintenant de collaborer avec d'autres institutions pour prouver que la protéine nsp13 possède bien la fonction prédite, et voir si les antiviraux connus affectent sa fonction enzymatique.
« Nous avons utilisé des méthodes de prédiction structurelle des protéines pour parvenir à notre conclusion », note Leszek Rychlewski. « Ces méthodes se sont considérablement améliorées ces derniers temps, et dans les mains d'experts (même polonais), elles deviennent des outils très rapides, parfaitement appropriés pour appuyer les investigations biologiques et médicales. »
« Cell » du 28 mai 2003, website : 10.1016/S0092867403004240, mRNA Cap-1 Methyltransferase in the SRAS Genome
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