SRAS : un coronavirus qui mute peu

Après la première publication par des virologues canadiens de la séquence génomique totale du coronavirus impliqué dans l'épidémie de SRAS, l'équipe du Dr YiJun Ruan (Singapour) s'est consacrée à l'analyse comparative de cinq autres coronavirus détectés chez des patients atteints de pneumonie atypique.

Le coronavirus est un virus à ARN. Or ce genre d'organisme a une forte propension à muter, ce qui lui permet de s'adapter à de nouveaux hôtes et à contourner l'effet des systèmes immunitaires après un premier contact. Les chercheurs de Singapour ont séquencé entièrement le génome de la souche virale détectée chez le cas index singapourien : un homme qui a été en contact avec le premier cas de Hong Kong lors de son séjour dans l'hôtel « M » à la fin de février 2003. Ils ont ensuite comparé la séquence avec celle d'autres souches détectées à Singapour (et en rapport avec le cas index), au Canada, à Hong Kong, à Canton et à Pékin.
Après mise en culture dans un milieu cellulaire, 129 mutations ont été relevées dans le code génétique au sein des 14 isolats étudiés. En raison de la possibilité d'induction de mutations lors de la mise en culture, les chercheurs ont choisi de ne s'intéresser qu'à 16 variations génomiques récurrentes. Celles-ci sont survenues au sein de 4 loci distincts, ce qui a permis de classer les virus du SRAS en 2 génotypes distincts. Le premier de ces deux génotypes est en rapport avec les patients infectés à l'hôtel « M » de Hong Kong (d'où, à partir d'un médecin de Canton, la maladie a essaimé au Canada et à Singapour) ; le second rassemble des isolats détectés à Hong Kong, Pékin et Canton.
La comparaison du génome des différentes souches suggère que les principaux composants du virus demeurent étonnamment stables à mesure que l'infection s'est propagée.
Pour le Pr Earl Brown (Ottawa, Canada), éditorialiste, « ce travail apporte à la fois de bonnes et de mauvaises nouvelles. D'une part, le virus s'est bien adapté à ses hôtes humains et son apparente stabilité signifie malheureusement qu'il ne va probablement pas changer rapidement et ne devrait pas muter en une forme bénigne d'infection dans un proche avenir. Mais le corollaire positif de cette stabilité est qu'avec le temps un vaccin devrait pouvoir être mis au point et rester efficace sur les différentes souches ».

« The Lancet », mis « on line » le 9 mai 2003.