C'est maintenant confirmé : le virus tenu pour responsable de l'épidémie de SRAS appartient à un groupe inédit de coronavirus. Les résultats du séquençage du génome de deux souches du virus, isolées de manière indépendante, ont en effet permis de disséquer la structure moléculaire du pathogène et de préciser son étiologie.
Il est apparu que si la structure globale du génome de ce virus est bien semblable à celle d'un coronavirus, des différences importantes dans la séquence des gènes qu'il code ne permettent pas de le classer dans un des trois groupes de coronavirus jusqu'ici connus. De plus, rien ne semble indiquer que ce nouveau virus, SRAS-CoV, aurait émergé par mutation d'un virus déjà caractérisé ou par recombinaison de plusieurs virus connus. L'origine du SRAS-CoV reste donc à clarifier, mais les données disponibles aujourd'hui suggèrent qu'il s'agit d'un virus animal encore non identifié qui aurait récemment évolué et acquis la capacité à infecter l'homme. Selon une seconde hypothèse, moins probable, le SRAS-CoV dériverait d'un coronavirus humain inconnu des scientifiques car totalement inoffensif.
Ces résultats ont été publiés en ligne le 1er mai par « Science » ; cette publication faisait suite à l'annonce de l'accomplissement du séquençage du virus le 12 avril (voir « le Quotidien » n° 7317). Ils émanent de deux groupes, une équipe canadienne qui a travaillé sur la souche Tor2 isolée à partir d'un patient canadien, et une équipe coordonnée par le CDC d'Atlanta qui a utilisé la souche Urbani. Les séquences publiées par les deux groupes ne diffèrent qu'au niveau de la région 3' non codante du virus et de quelques nucléotides à d'autres positions du génome. Dans les deux études, les chercheurs ont mis en évidence quatre gènes putatifs codant pour des protéines essentielles et cinq codant pour des protéines « dispensables ». L'analyse de la structure du génome et son étude d'un point de vue phylogénétique a conduit les deux équipes à formuler les mêmes conclusions : ce virus est un coronavirus phylogénétiquement aussi éloigné des trois groupes de coronavirus connus que ceux-ci le sont l'un de l'autre.
La disponibilité de la séquence complète du virus devrait faciliter et accélérer la mise au point de tests diagnostiques (par PCR et/ou tests immunologiques), le développement de stratégie antivirale (notamment par la production d'anticorps neutralisants) et, pourquoi pas, l'identification d'épitopes cibles de futurs vaccins.
P. Rota et coll. et M. Marra et coll., « Science », édition en ligne , 1er mai 2003. Etudes accessibles sur le site www.sciencemag.org.
La fièvre détectée à distance
Plusieurs pays ont décidé de mettre en place des systèmes pour détecter plus facilement les passagers fiévreux dans les aéroports.
La thermographie à infrarouges a été initialement mise au point par les militaires. Une caméra thermosensible filme les passagers et ceux dont la température dépasse 38 ° apparaissent en rouge sur l'écran de contrôle. Singapour et Taïwan utilisent la méthode, mais aussi Tokyo, pour les voyageurs en provenance d'autres pays asiatiques, en particulier Pékin et Hong Kong. Le Canada, qui espère avoir contrôlé l'épidémie, doit faire de même pour les aéroports de Toronto et Vancouver, les deux foyers de la maladie.
A Taïwan, certaines sociétés contrôlent de même les entrées dans leurs bâtiments à l'aide d'un thermoscanner qui ressemble à un gros pistolet.
En Italie, l'inventeur d'un outil du même genre a du mal à faire face aux commandes venues d'Asie, qui affluent par dizaines de milliers. Le Thermofocus, fondé lui aussi sur les infrarouges, a été, à l'origine, conçu pour les enfants : on le place à quelques centimètres du front et en quelques secondes, sans aucun contact avec la peau, on obtient la température du corps. « Selon nos simulations, explique Francesco Bellifemine, deux infirmiers peuvent prendre la température de tous les passagers d'un Boeing en 15 minutes, à raison de 15 personnes à la minute. »
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