L'Agence française de sécurité sanitaire des aliments (AFSSA) est réglementairement consultée avant toute mise sur le marché d'organismes génétiquement modifiés ou tout lancement de programme expérimental concernant les OGM. Mais elle estime, dans un avis rendu à la demande du ministre de l'Agriculture et diffusé à la veille du débat public prévu à Paris, que les règles d'évaluation actuellement en vigueur ne présentent pas toutes les garanties sanitaires pour le consommateur.
Par exemple, l'agence estime que les essais de toxicité aiguë, par administration d'une dose unique de produit, ne permettent pas de mesurer l'impact à long terme d'une ingestion répétée à faible dose, susceptible de déclencher une allergie. Il conviendrait donc d'exiger des études de toxicité subchronique effectués sur des animaux de laboratoires, seules à même de révéler des effets potentiels d'une exposition prolongée sur les systèmes vitaux, notamment immunitaires, hormonaux et reproducteurs.
A ces études de toxicité, l'AFSSA recommande d'ajouter des essais de digestibilité (mesure de la proportion des composants de l'aliment absorbée dans le tube digestif) et de tolérance (mesure des effets inattendus).
Toutes ces études devraient être conduites sur l'animal, les expérimentations sur l'homme ne se justifiant, selon l'avis, que pour les OGM, au sujet desquels un effet sur la santé est revendiqué, à l'exclusion des OGM seulement destinés à des améliorations agronomiques
L'avis de l'AFSSA juge par ailleurs « négligeables » les risques « théoriques » liés à l'existence de gènes de résistance aux antibiotiques, au regard de la présence de tels gènes dans l'environnement. Il précise cependant que le recours à des microbes génétiquement modifiés comme marqueurs de sélection présenterait « un risque non négligeable » de transfert de ces gènes à la flore intestinale.
Si le gouvernement adopte toutes ou partie de ces recommandations, la directive européenne qui fixe les modalités d'autorisation des OGM devrait être alors revue en conséquence. C'est en effet à Bruxelles que sont autorisées in fine les mises sur le marché d'OGM en Europe, une fois donné le feu vert conjoint des ministères français de l'Agriculture et de l'Environnement.
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