En début de grossesse, le prélèvement vaginal ne doit pas être systématique. Lorsque la patiente a moins de 25 ans, la recherche de Chlamydia est, toutefois, justifiée. Cette IST doit être traitée avec de l'azithromycine. Par ailleurs, chez les patientes ayant des antécédents d'accouchement prématuré, la recherche de vaginose au premier trimestre ne fait plus partie des recommandations de la HAS. En outre, en cas de pathologie obstétricale (menace d'accouchement prématuré, notamment), Mycoplasma hominis et les ureaplasma doivent être recherchés car ils sont pathogènes.