L'ANALYSE du génome du virus de l'hépatite C a permis de mettre en évidence une extrême hétérogénéité des régions codantes structurelles et non structurelles, ce qui a conduit à une classification des virus en 6 génotypes, divisés chacun en plusieurs sous-types.
Afin d'analyser les variations dans la distribution des génotypes dans une population choisie géographiquement, une équipe de chercheurs français, coordonnée par les Dr Jean-François Cantaloube, a mis en place une étude sur 321 plasmas collectés dans la région du sud-est de la France chez des personnes ayant donné leur sang entre 1991 et 2003.
Ces 181 hommes et 140 femmes infectés par un virus de l'hépatite C étaient âgés de 18 à 65 ans. Le génome viral a été analysé par amplification et séquençage des régions NS5b et E1. Les génotypes le plus souvent retrouvés étaient de type 1b (30,2 %), 1a (27,7 %) et 3a (22,4 %). Bien qu'il fut nettement moins commun (10,9 %), le génotype 2 était caractérisé par une distribution particulière des sous-types viraux. L'analyse phylogénétique de la région NS5b a en effet permis de retrouver 35 souches de type 2. Vingt-neuf de ces souches appartenaient à l'un des six sous-types 2 déjà décrits : 2a (11,4 %), 2b (11,4 %), 2c (28,6 %), 2i (20 %), 2k (8,6 %) et 2l (2,9 %). Les six autres souches ne pouvaient pas être assimilées à l'un de ces sous-groupes et elle pouvaient correspondre à cinq nouveaux sous-types distincts.
Si, en 1991, les trois sérotypes le plus souvent retrouvés étaient les 1b (50 %), 1a (20 %) et 2 (20 %). Cette répartition s'est radicalement modifiée en 2003 : 1a (40 %), 3a (30 %) et 1b (30 %).
Le type 2 sous forme « endémique ».
La distribution dans le temps des infections par les virus de type 1a, 1b, 3a et 4a s'est faite selon un mode « épidémique », avec un grand nombre d'isolats par sous-type et une faible distance génétique entre les isolats. En revanche, celle des virus de type 2 s'est faite sous forme « endémique », avec un grand nombre de sous-types présents et un faible nombre de patients infectés par chaque sous-type. L'émergence des sous-types épidémiques dans le sud de la France (sous-type 1a et 3) semble directement liée à l'utilisation de drogues par voie intraveineuse et la baisse des souches 1b et 2 semble en rapport avec une meilleure surveillance des transfusions sanguines et une baisse des infections nosocomiales. L'analyse en fonction du sexe montre une surreprésentation des hommes en cas d'infection par le sous-type 1a, et des femmes pour le sous-type 1b. Par ailleurs, le sous-type 4a n'a été détecté que chez des hommes. Les sujets âgés sont plus souvent infectés par des sérotypes 2 ou 1b, alors que chez les plus jeunes, on retrouve généralement trois sous-types : 1a, 3a ou 4d.
Pour les auteurs, « la surveillance virale des dons de sang permet de mieux connaître d'un point de vue épidémiologique la distribution génotypique du virus de l'hépatite C ».
« Journal of Clinical Microbiology », vol. 43, n° 8, pp. 3624-3628, août 2005.
Génotypes et sous-types
En Afrique de l'Ouest, les génotypes les plus représentés sont les types 1 et 2 ; en Afrique centrale, on retrouve le plus fréquemment le génotype 4 ; en Asie, les génotypes les plus souvent en cause sont le 3 et le 6. Dans certaines régions du globe, on retrouve des sous-types particuliers : 4a en Egypte, ou 5a en Afrique du Sud.
Les sous-types dépendent aussi du mode de contamination : ainsi, les usagers de drogue par voie intraveineuse sont le plus souvent atteints par le sous-type 3a.
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