Avec près de 1014 bactéries, le microbiote intestinal d’un individu compte 10 fois plus de cellules que le corps humain. Mais jusqu’à peu, seules 20 à 30% de ces bactéries avaient pu être identifiées et cultivées avec les méthodes de microbiologie classiques. Le développement récent de nouvelles approches de biologie moléculaire a changé la donne, permettant de caractériser la fraction non cultivable du microbiote et d’en offrir une vision plus complète. Fondées sur la reconnaissance de certaines séquences d’ADN, ces techniques permettent notamment d’objectiver d’éventuelles perturbations du microbiote (dysbioses) et les effets bénéfiques de certains probiotiques.
Hybridation fluorescente
Grâce à la technique dite d’ « hybridation in situ fluorescente », Alexander Swidsinski (Berlin) a ainsi analysé l’impact sur le microbiote colique d’une antibiothérapie pour vaginose bactérienne et sa restauration par S. boulardii (Sb). L’organisation spatiale et quantitative du microbiote a été étudiée chez trois groupes de femmes traitées par métronidazole/ciprofloxacine pendant 2 semaines. Le groupe1 a reçu les antibiotiques seuls, le groupe 2 a reçu Sb de façon concomitante tandis que le groupe 3 a reçu Sb à l’issue du traitement antibiotique. Chez toutes les patientes, la prise d’antibiotiques a modifié la composition du microbiote avec la disparition (ou la diminution) de certaines bactéries et à l’inverse l’apparition de groupes bactériens précédemment non détectés. Pour les patientes bénéficiant d’un traitement par Sb concomitant (groupe 2), les perturbations étaient moins marquées tandis que la restauration du microbiote était plus rapide dans les groupes 2 et 3.
Un autre travail réalisé par Ciaran Kelly (Boston) avec la technique dite de « métagénomique quantitative » retrouve des résultats proches chez des volontaires sains traités par amoxicilline/acide clavulanique avec ou sans Sb. Selon cette étude, Sb pourrait prévenir certaines modifications du microbiote induites par les antibiotiques et diminuer la survenue de diarrhées associées à l’antibiothérapie.
Pause exceptionnelle de votre newsletter
En cuisine avec le Dr Dominique Dupagne
[VIDÉO] Recette d'été : la chakchouka
Florie Sullerot, présidente de l’Isnar-IMG : « Il y a encore beaucoup de zones de flou dans cette maquette de médecine générale »
Covid : un autre virus et la génétique pourraient expliquer des différences immunitaires, selon une étude publiée dans Nature