Les travaux qui illustrent ce que la biologie moléculaire actuelle peut réaliser apportent des éléments qui permettent d'élaborer une réflexion autour des origines d'une éventuelle pandémie de grippe aviaire par le virus H5N1 (Robert Belshe*).
Les trois virus pandémiques qui ont émergé au cours du XXe siècle - le virus H1N1 de la grippe espagnole de 1918, le H2N2 de 1957 (grippe asiatique) et le H3N2 de 1968 (grippe de Hong Kong) - ont tous connu une diffusion rapide dans le monde. Seul le virus de 1918 a été associé à une mortalité mesurée par milliers de morts pour cent mille habitants.
La connaissance des séquences génétiques du virus prédateur de la pandémie de 1918 devrait être extrêmement utile pour connaître les événements qui peuvent conduire à l'adaptation des virus aviaires aux êtres humains. Et ce avant même le début d'une éventuelle pandémie.
Déjà en circulation en 1900.
En se fondant sur les vitesses de remplacement des acides aminés, Tautenberger et coll. estiment que les gènes des polymérases de H5N1 étaient déjà en circulation en 1900.
Les virus de la grippe échangent du matériel génétique qui passe donc de l'un à l'autre. En 1957 et en 1968, les nouveaux virus ont émergé à la suite de réarrangements dans des virus déjà existants. En 1957, la coïnfection d'un animal (porc) ou d'un humain par deux virus - H2N2 aviaire et H1N1 humain - a produit un nouveau virus grippal contenant l'hémagglutinine, la neuraminidase et les polymérases aviaires, le reste provenant du virus humain. Il a circulé jusqu'en 1968, date à laquelle il a été remplacé par un nouveau virus réassorti, le H3N2, comportant de nouveaux gènes aviaires (polymérase et hémagglutinine H3). Jusqu'ici, les descendants de ce virus continuent de causer la plupart des infections grippales. « Cinq des gènes du virus influenza H3N2 humain actuel ont leur origine dans la pandémie de 1918. »
L'observation la plus étonnante de Taubenberger et coll. est que le virus de 1918 n'a pas eu pour origine un réarrangement impliquant un virus grippal humain. « Les huit gènes du virus H1N1 sont plus proches d'un virus influenza aviaire que de n'importe quelle autre espèce. »
Cela indique qu'un virus aviaire a dû s'adapter aux humains pour les infecter et s'étendre de personne à personne. Ce qui veut dire que la pandémie de grippe a été précédée par au minimum deux réarrangements différents entre un virus animal et humain.
Large éventail des espèces aviaires ou non .
Au cours des décennies précédentes, on s'est aperçu rétrospectivement de l'existence de nombreux exemples de transmission d'oiseaux à humains, et qui n'ont été reconnus que depuis peu. « Ce qui est nouveau est le large éventail des espèces, aviaires ou non, qui ont été infectées par le virus actuel H5N1. »
Il n'est pas possible de prédire si le H5N1 est capable de s'adapter aux humains, puis de se répandre efficacement par l'intermédiaire d'aérosols à bas titre, ce qui serait de nature à déclencher une pandémie. Mais on sait que certains changements génétiques y seraient favorables : le rôle des hémagglutinines et des polymérases est important, dont certains sont trouvés dans les virus humains et ne sont pas présents dans les virus aviaires, ont indiqué Taubenberger et coll.
« Si ces estimations sont correctes, la surveillance des séquences et des modifications génétiques dans des régions clés, chez les virus isolés dans les exemples que l'on connaît de transmission d'oiseaux à humains, devrait nous permettre de tracer les virus de nombreuses années avant qu'ils ne développent leurs aptitudes à la réplication chez les humains. »
« Perspective » dans le « New England Journal of Medicine , 24 novembre 2005, pp. 2209-2211.
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