APRES ceux de l'homme, de la souris et du rat, le chien (Canis familiaris) est le quatrième mammifère dont le génome est désormais entièrement séquencé. Lindblad-Toh et coll. ont décodé les 39 paires de chromosomes d'un boxer femelle et les ont comparées à celles du loup gris, du coyote et de huit autres races de chiens domestiques. Ce travail titanesque leur a, non seulement, permis d'obtenir la séquence des 2,4 gigapaires de bases qui constitue le génome euchromatique du chien, mais il les a surtout conduits à créer un catalogue de plus de 2,5 millions de polymorphismes génétiques qui différencient entre elles les espèces et les races de chiens étudiées.
L'analyse de l'ensemble de ces données pourrait accélérer la découverte de gènes responsables de pathologies humaines. Le chien et l'homme partagent en effet plusieurs centaines de pathologies. Parmi elles, certaines sont retrouvées avec une fréquence très élevée chez des chiens de race spécifique (la narcolepsie chez le doberman pinsher, le cancer rénal héréditaire chez le berger allemand...). En mettant en relation ces données cliniques avec les données génétiques acquises par Lindblad-Toh et coll., il devrait être possible d'identifier des polymorphismes canins associés à ces pathologies, puis de transposer les résultats obtenus au cas de l'homme.
Le même type de démarche pourrait apporter de nouvelles données sur l'influence de la génétique sur la morphologie ou le comportement. Comparer le génome d'un minuscule chihuahua à celui d'un gigantesque danois ou encore le génome d'un jack russell hyperactif à celui d'un placide basset pourrait se révéler très instructif.
L'analyse des données brutes obtenues par Lindblad-Toh et coll. a d'ores et déjà permis d'obtenir des informations inédites sur la structure et l'évolution du génome du chien.
Comparer à celui de l'homme.
La cartographie des variations génétiques retrouvées à l'intérieur des races et entre les races de chiens étudiées a révélé l'existence de longues régions polymorphes (haplotypes comprenant de trois à cinq gènes). Cette structure devrait faciliter les analyses d'association entre les polymorphismes et les phénotypes. Le nombre de points du génome à typer pour réaliser ce type d'analyse ne devrait pas excéder dix mille.
En comparant le génome du chien à celui de l'homme, Lindblad-Toh et coll. ont, en outre, fait quelques découvertes intéressantes. Les deux espèces de mammifères partagent plus de 5 % d'éléments retenus par la pression de sélection au cours de l'évolution. Ces éléments étant également retrouvés chez la souris, ils jouent probablement un rôle majeur dans la biologie des mammifères. Parmi ces séquences, seulement de 1 à 2 % codent pour des protéines. Dans les 3 % des séquences non codantes restantes, environ la moitié sont reparties dans 200 régions pauvres en gènes, mais qui contiennent des informations codant pour des protéines essentielles à l'établissement et au maintien de l'identité cellulaire.
L'ensemble des résultats de ce projet de séquençage est accessibles en ligne sur : www.genome.gov. Dans la synthèse publiée cette semaine par la revue « Nature », Lindblad-Toh et coll; remercient tous les propriétaires de chiens, les éleveurs et les écoles vétérinaires qui ont participé au projet en fournissant des échantillons de sang canin. « Sans leur coopération, ce travail n'aurait jamais pu être mené à bien », concluent-ils.
« Nature » du 8 décembre 2005, pp. 803-819.
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