Plusieurs maladies sont présumées d'origine infectieuse, sans que les agents pathogènes n'aient été identifiés. Il existe déjà certaines méthodes moléculaires qui ont permis la découverte de nouveaux agents pathogènes (comme l'amplification de séquences conservées par PCR), ce qui a permis d'identifier des bactéries à l'origine de l'angiomatose bacillaire et du syndrome de Whipple, ou l'herpès virus, cause du sarcome de Kaposi. Pour dépasser les limites de ces modes d'analyse (comme la nécessité de connaître les séquences nucléotidiques pour réaliser la PCR), on recherche de nouvelles méthodes.
L'une d'elles fait l'objet d'un article dans « Nature Genetics ». Pour trouver des séquences d'ADN non humain, Griffin Weber et coll. (Boston) ont réalisé un criblage informatique du génome humain, en utilisant la banque de données sur les séquences dont on dispose aujourd'hui (premier jet du séquençage du génome).
Le filtrage du transcrit
Dans cette approche, intitulée « filtrage du transcrit par informatique », les séquences présentant une similitude significative avec celles du génome humain sont soustraites. Seules sont étudiées les séquences exprimées.
« Le potentiel du filtrage du transcrit par informatique réside dans son aptitude à identifier des séquences non humaine de manière complète et non biaisée », indiquent les auteurs.
La méthode a été testée par Weber et coll. sur 3,2 millions de séquences de tissus provenant d'échantillons humains, qui ont été comparés aux séquences humaines contenues dans la banque de données nucléotidiques GenBank.
Les analyses ont montré que les séquences exprimées soustraites ainsi décelées comprennent des séquences appartenant à des pathogènes connus : virus des hépatites B et C, les papillomavirus HPV-16 et 18, CMV, herpès virus du Kaposi et virus d'Epstein-Barr (EBV). « Nous avons trouvé 18 séquences croisant avec le virus de l'hépatite B parmi 16 743 séquences provenant d'un individu souffrant d'un hépatocarcinome du foie », expliquent les auteurs.
La méthode a été mise à l'épreuve, avec succès, pour la recherche d'HPV-18 dans le cas d'un cancer du col.
Au total, la démonstration de la possibilité d'identifier des pathogènes connus dans des tissus infectés par la méthode du filtrage informatisé des séquences est faite.
Mais ces librairies de séquences du transcrit ne sont pas idéales pour la découverte de nouveaux microbes. Pour deux raisons : elles sont axées sur les tissus normaux et les cancers les plus courants ; et les méthodes de recueil conduisent fréquemment à des contaminations de séquences.
Lupus et maladie de Crohn
« Nous proposons de réaliser des librairies de séquences et d'ADN à partir de tissus de maladies candidates pour une origine infectieuse, comme le lupus érythémateux disséminé ou la maladie de Crohn. »
Les taux des séquences pathogènes trouvées dans du foie infecté par le VHB (0,1 %) et des cellules cancéreuses cervicales contaminées par le HPV-18 (0,03 %) montrent qu'un échantillonnage d'à peine 100 000 séquences serait suffisant pour la découverte de nouveaux gènes viraux. On devrait ensuite pouvoir distinguer les séquences appartenant à des commensaux bénins de pathogènes en évaluant la force de l'association avec la maladie.
Griffin Weber et coll. « Nature Genetics », publication préliminaire en ligne sur Internet (http://genetics.nature.com).
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