Le chromosome 6 est séquencé

Et de 7 ! Une importante équipe britannique annonce, aujourd'hui dans la revue « Nature », le séquençage et l'analyse du chromosome 6 humain. A. J. Mungali et coll., du Wellcome Trust Sanger Institute, à Cambridge, présentent la cartographie, le séquençage et l'analyse de ce chromosome qui représente 6 % du génome humain. Cette annonce complète les séquençages de six autres chromosomes : 7, 14, 20, 21, 22 et Y. Ce qui porte notre connaissance du génome humain à 500 mégabases totalement analysées, soit 17 % des 2,8 milliards de paires de bases de la totalité.

Avant d'aborder l'apport de cette découverte à la connaissance médicale, quelques chiffres. Avec 166 880 988 paires de bases, le « 6 » est le plus grand chromosome séquencé. Les chercheurs décrivent 2 190 structures de gènes, dont 1 557 sont fonctionnels et 633 inactifs (pseudogènes). Parmi ces 1 557 a priori actifs ou fonctionnels, 772 ont déjà été décrits. Les données statistiques de ce chromosome sont similaires à celles des autres. La densité en gènes moyenne par mégabase est de 9,2 (10 pour le génome). Le taux de séquences répétées est de 43,95 % (moyenne 44,8 %). En revanche, le chromosome 6 s'éloigne des autres en portant le plus important regroupement (157 gènes) d'ARN de transfert, impliqués dans la traduction de séquences d'ADN en acides aminés. Il comporte aussi le gène le plus porteurs de polymorphismes, HLA-B.

La réaction immune innée et adaptative

Quant aux implications médicales, le chromosome 6 est surtout connu pour porter le complexe majeur d'histocompatibilité, une région de 3,6 mégabases sur la bande 6p21.3 du bras court. Ce complexe joue un rôle essentiel dans la réaction immune innée et adaptative. Il est caractérisé par une forte densité en gènes, un polymorphisme élevé et un haut déséquilibre de liaison. En raison de ces fonctions cruciales dans l'immunité et de son association avec une centaine d'affections (diabète de type 1, PR, SEP...), le complexe majeur d'histocompatibilité avait été séquencé bien avant le reste du chromosome 6.
Au moment de l'acceptation de l'article par la revue « Nature », 130 gènes de prédisposition ou protecteurs étaient cartographiés sur le « 6 ». Parmi eux, 84 (65 %) étaient déjà clonés dont celui du complexe majeur d'histocompatibilité ou le gène HFE, impliqué dans l'hémochromatose. S'y ajoutent des gènes impliqués dans des atteintes du tissu nerveux ou cérébral : SCA1 dans l'ataxie spinocérébelleuse, EPM2A dans l'épilepsie myoclonique de Lafora, PARK2 dans le parkinsonisme à début juvénile autosomal récessif. Des implications ont aussi été proposées pour certains gènes-candidats dans la schizophrénie.
Enfin, le séquençage du chromosome 6 fournit un outil d'étude des modifications épigénétiques conduisant à une affection. Ici sont visés le diabète néonatal transitoire et le regroupement de gènes en 6q26, région connue pour la présence de gènes suppresseurs de tumeur. Le bras long du chromosome 6 a fait l'objet d'une attention soutenue de la part des généticiens du cancer puisqu'il porte des gènes d'importance dans la progression tumorale et dans divers cancers.

« Nature » vol. 425, 23 octobre 2003, pp. 775-776 (éditorial) et 805-811.