HAPMAP II, ou carte des haplotypes, deuxième carte où ne figurent que les régions variables des chromosomes humains, fait l'objet de deux articles dans la revue « Nature », où le consortium International HapMap décrit l'utilisation des moyens qui ont permis d'améliorer la résolution de la carte. Le projet a commencé après que la séquence complète du génome humain a été publiée.