FilmArray BCID panel

Publié le 30/10/2014

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Deux études ont concerné la biologie moléculaire par PCR multiplex propriétaire, à savoir le FilmArray (BioFire, États-Unis). Un système clos est utilisé sur cette plateforme, le blood culture identification (BCID)panel. Il permet, à partir d’une hémoculture positive, d’effectuer en une heure et de manière automatisée : la préparation de l’échantillon, l’extraction d’ADN/ARN, l’amplification simultanée d’ADN/ARN de 24 pathogènes et 3 gènes de résistance, l’amplification ciblée des produits amplifiés à la première étape.

Le premier travail a été réalisé sur 8 mois à la Mayo Clinic par Banerjee et al. (1). Il s’agit d’un essai randomisé et contrôlé de l’impact de cette méthode sur, d’une part, les délais entre examen direct positif et identification et adaptation de l’antibiothérapie (désescalade antibiotique ou élargissement du spectre antibiotique), et d’autre part les conséquences cliniques : mortalité, durée de séjour, guérison, infection à C. difficile, et colonisation par bactérie multirésistante.

Tous les patients ayant une hémoculture positive à l’examen direct avec coloration de Gram étaient randomisés dans l’un des trois groupes : techniques de culture/identification/antibiogramme conventionnels (groupe contrôle), identification par BCID avec un rapport aux cliniciens (BCID/rapport) et identification par BCID accompagné d’un conseil en bon usage antibiotique en temps réel (BCID/conseil). Sur les 617 patients inclus (207 contrôles, 198 BCID/rapport, 212 BCID/conseil), 54,8 % des prélèvements étaient à Gram +, 32,6 % à Gram –, 2 % à Candida spp., et 10,5 % polymicrobiens.

Le système BCID a identifié 82,8 % des prélèvements positifs. Les délais entre le direct et l’identification étaient de l’ordre de l’heure (1,4 h) pour le BCID et d’un jour (23,6 h) pour les techniques conventionnelles. Cette identification accélérée du pathogène s’accompagnait d’une adaptation antibiotique plus rapide que dans le groupe contrôle (40,4/36,5 h respectivement pour la désecalade/l’élargissement spectre) uniquement dans le groupe BCID/conseil uniquement (27,2/15,9 h ; p ‹ 0,001), alors que le BCID n’accélairait pas significativement ces mesures (45 h/24 h). Et, malgré l’identification du pathogène et l’adaptation de l’antibiothérapie plus rapides avec le système BCID – surtout lorsqu’accompagné de conseil de bon usage antibiotique en temps réel – aucun impact clinique sur les indicateurs mesurés n’a été mis en évidence.

Limites du système

La deuxième étude utilisant le FilmArray BCID panel, réalisée sur 4 mois au CHU de Reims, non-randomisée, partait des hémocultures positives à l’examen direct soumises à l’identification moléculaire par BCID, confrontée rétrospectivement à l’identification définitive par spectrométrie de masse obtenue 24 heures plus tard en routine (2). Cette étude retrouve la capacité du BCID d’identifier 89,3 % (67/75) des isolats et tous ceux qui étaient porteurs de gènes de résistance mecA (15 % des staphylococques). Toutefois, l’étude pointe aussi les limites du système, avec trois isolats positifs à bactéries ne faisant pas partie du panel (Chryseobacterium, Bacillus cereus, Actinomyces naeslundii), trois isolats S. aureus identifiés en S. epidermidis et deux rendus de résultats non valides (2,5 %).

Bien que l’étude ait également montré un rendu d’identification plus rapide aux cliniciens et 44 % d’adaptation de l’antibiothérapie – initiation plus précoce (13 cas) ou modification (10 cas) –, elle n’a pas mis en évidence d’impact clinique associé.