L'épidémie de sida a été clairement identifiée en tant que zoonose virale. Les analyses phylogénétiques montrent que des transmissions multiples se sont produites à partir d'espèces simiennes vers l'homme des deux types de VIH génétiquement distincts. Le VIH-1 est étroitement lié génétiquement à un SIV de chimpanzé (SIV cpz), tandis que le VIH2 est lié à un SIV de singe sooty mangabey (SIV sm).
Alors que les VIH1 du groupe M (sous-types A-D, F, H, J et K) sont très répandus, les sous-types du VIH2 sont trouvés principalement en Afrique de l'Ouest. On les classe en sous-types épidémiques (A et B) et non épidémiques (C-G).
Un travail de biologie moléculaire a reconstruit l'arbre phylogénique du SIV sm et du VIH2, en étudiant l'« horloge moléculaire » (taux de recombinaisons en fonction du temps) des gènes gag, pol et env. Une population de 2 774 habitants ruraux de Guinée-Bissau (région de Canchungo), où la prévalence du VIH2 est importante, a été étudiée.
Un ancêtre commun en 1940-1945
Selon ces estimations, l'ancêtre commun le plus récent pour les sous-types A et B du VIH2 a existé en 1940 et 1945.
La Guinée-Bissau semble bien être le lieu d'émergence du virus VIH2 chez l'homme. La transmission interespèces s'est produite pendant la première moitié du XXe siècle du sooty mangabey à l'homme. L'épidémie a commencé à s'étendre à partir de cet endroit, mais pas avant 1960-1970. Tout comme pour le VIH1, l'épidémiologie du VIH2 a commencé par une période de faible endémicité suivie pas un nombre d'infections s'accroissant de façon exponentielle.
La guerre d'indépendance
La guerre d'indépendance de la Guinée-Bissau contre le Portugal (1963-1974) paraît avoir joué un rôle essentiel dans la dissémination précoce du VIH2, avec des transmissions importantes du virus par les voies sexuelle ou sanguine pendant cette période.
Le premier cas d'infection par le VIH2 fut enregistré en Europe chez un ancien combattant de la guerre d'indépendance.
Les injections non stériles sont incriminées dans la diffusion du virus. Des médecins de l'armée ont effectué des campagnes de vaccinations massives à la clinique de Canchungo. « Les modifications des modèles sociologiques en relation avec la guerre ont eu un rôle majeur sur le développement de l'épidémie du VIH-2 », écrivent les auteurs.
Philippe Lemey et coll. « Proc Natl Acad Sci USA ». Publication online avancée.
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