Au moindre doute quant à une organicité, un certain nombre d'examens peuvent être prescrits en première intention en fonction de la clinique : numération formule sanguine (NFS), vitesse de sédimentation (VS), ferritine, bilan hépatique, lipase, échographie abdominale, examen parasitologique des selles… Des examens plus invasifs comme une coloscopie ou une fibroscopie pourront être indiqués dans un second temps.
Face à des douleurs abdominales manifestement fonctionnelles, les attitudes explicatives rassurantes apaisent les angoisses. Mais il sera parfois nécessaire de demander une prise en charge du contexte psychosocial par une thérapie familiale quand il existe des dysfonctionnements familiaux importants. Proposer à l'enfant de rédiger un cahier des douleurs est aussi l'occasion d'objectiver et de discuter des circonstances de survenue des douleurs. Enfin, devant des douleurs fonctionnelles itératives et invalidantes, la prescription de topiques intestinaux et de spasmolytiques pourra soulager l'enfant, souvent du fait d'un effet placebo particulièrement puissant dans ce contexte (40 %).
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