Au même titre que l'enseignement, la culture ou la police, la santé fait partie des compétences des régions (Länder) allemandes. Chaque Land dispose d'un « ministère de la santé » dirigé par un ministre nommé par le président du gouvernement régional, lui-même élu par la population. Toutefois, les grandes orientations de la politique de santé, en particulier économiques, sont du ressort du gouvernement fédéral, qui doit néanmoins tenir compte de l'avis des régions pour les mettre en uvre.
Parfois réunis aux ministères régionaux chargés de l'Environnement, des Affaires sociales, de la Jeunesse, des Femmes ou des Personnes âgées, les ministères de la Santé sont chargés avant tout de la santé publique et de la protection sanitaire dans leurs régions respectives. En Bavière par exemple, le ministère de la Santé, de l'Alimentation et de la Protection des consommateurs a la haute main sur ces dossiers, et vient d'obtenir du gouvernement bavarois d'importantes rallonges budgétaires pour renforcer sa politique en matière de sécurité alimentaire. Les ministères régionaux assurent le bon fonctionnement de toutes les institutions sanitaires et d'hygiène. Ils sont responsables de la protection de la santé au travail, de la santé scolaire, de la prévention, et de l'information et de l'éducation sanitaire. Ils disposent de leurs propres budgets, versés par les régions et sont les employeurs directs des personnels chargés d'assurer les missions qui leur sont allouées.
Le ministère de la Santé de Rhénanie-Palatinat, à Mayence, emploie 175 personnes à son siège et 1 100 dans ses différents services et laboratoires ; son budget annuel atteint 1,2 milliard d'euros, dont une partie sert à financer la modernisation des hôpitaux de la région.
Dans certains cas, les ministères régionaux peuvent s'opposer à des mesures fédérales, voire mener des politiques en contradiction avec elles. Ce fut le cas lors de la crise du boeuf britannique : le ministère de Rhénanie-Westphalie refusa de lever l'interdiction d'importation de viande, pourtant décidée au niveau fédéral. Les ministères peuvent lancer des programmes régionaux de santé, et sont chargés de la planification des structures sanitaires et hospitalières. Les régions financent la construction et la modernisation des hôpitaux, seules ou avec les villes ou l'Etat, mais pas leur fonctionnement. Certains Länder gèrent directement des hôpitaux, notamment des établissements psychiatriques et de réadaptation
Le ministère fédéral de la Santé joue un rôle de coordination entre les régions, et dispose de quelques laboratoires de contrôle centraux et de compétences spécifiques face à certaines maladies comme le sida. Il définit les grandes orientations et les réformes de la politique de santé, tâche autrefois dévolue au ministère du travail et des affaires sociales. Il mène des actions nationales de prévention ; il est chargé de la lutte contre les toxicomanies.
La régionalisation se retrouve au sein des professionnels eux-mêmes, avec des associations et des ordres régionaux de médecins aux compétences nettement plus étendues qu'en France ; il en est de même pour les caisses maladie, même si elle suivent très largement les grandes orientations de leurs structures fédérales. Les Länder sont chargés de surveiller le fonctionnement des caisses et des relations entre les médecins et l'assurance-maladie au niveau régional.
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