Un nouveau logiciel apparie gènes du cancer et traitements potentiels

 16/07/2012

   

Cell Miner est un nouvel outil informatique permettant de croiser des milliers d’informations génomiques de pathologies cancéreuses à des milliers de composés pharmacologiques. L’étude qui décrit ce nouveau logiciel vient d’être publiée conjointement par le National Cancer Institute (NCI) et le National Institute of Health dans la revue Cancer Research.

CellMiner a été pensé pour être utilisé dans la banque de données NCI-60, la plus large à l’heure actuelle, qui permet un accès rapide à 22 370 gènes répertoriés et à 20 503 composés chimiques analysés dont 102 sont d’authentiques anticancéreux ayant l’agrément de Food and Drug Administration.

Les séquences génomiques sont devenues très importantes en biomédecine mais les données sont tellement disparates que les chercheurs ont des difficultés pour y accéder. CellMiner devrait court-circuiter toutes ces difficultés : il est facilement et gratuitement accessible en ligne. Il est d’utilisation plus facile, plus rapide et plus flexible que toutes les autres méthodes disponibles actuellement.

Le logiciel calcule les corrélations existant entre gènes et substrats pharmacologiques et exprime un résultat en terme de significativité statistique. À titre d’exemple, les chercheurs relatent dans leur publication une recherche effectuée sur le composé NSC732298 pour lequel ils ont comparé les taux d’activité pharmacologique sur divers expressions génétiques faisant apparaître un intérêt potentiel dans le cancer colique. Autre exemple de découverte au cours du même exercice : le selumetinib utilisé dans le cancer colique pourrait être efficace dans le traitement du mélanome.

› Dr A. T.-M.