DE NOMBREUSES espèces animales sont infectées par des coronavirus (CoV) qui peuvent être à l'origine d'infections diverses : respiratoires, entériques, hépatiques ou neurologiques. Du fait d'un mécanisme unique de réplication virale, il existe de fréquentes recombinaisons virales, ce qui permet au virus de s'adapter à de nouveaux hôtes ou à des niches écologiques.
Les marchés chinois.
L'isolement de coronavirus à l'origine du sras (sras-CoV) chez des animaux vendus vivants sur les marchés chinois (civettes ou ratons laveurs) a, dans un premier temps, laissé suggérer que ces animaux pouvaient représenter le réservoir viral de l'épidémie de sras. Néanmoins, la multiplication des prélèvements dans différentes espèces animales a permis d'imaginer que les civettes ne représentent qu'un hôte temporaire au sein duquel il a existé des phénomènes d'amplification virale rendant possible une dissémination des virus à l'homme. Parce que ces animaux sont souvent mélangés avec d'autres espèces dans les marchés de viande vivante, des virologistes de Hong Kong ont mis en place une étude systématique du portage viral chez les autres animaux vendus vivants. Après que l'on eut détecté du sras-CoV chez des chauves-souris en captivité, les autorités sanitaires ont procédé à une analyse de prélèvements anaux chez 59 animaux sauvages (Rhinolophus sinicus) des nouveaux territoires de la région autonome de Hong Kong. Près de 40 % de ces prélèvements étaient le siège d'une infection et les investigateurs ont procédé à une analyse par PCR des virus. Le séquençage et l'analyse du génome de trois des virus détectés ont été comparés à ceux des virus retrouvés chez des civettes et chez l'homme.
Un ancêtre commun avec le virus des civettes.
Les auteurs indiquent qu' « il s'agit d'une souche phylogénétique distincte appartenant au groupe CoV 2b. Le génome de bat-sras-CoV diffère de celui de sras-CoV par les gènes de spike (ORF3 et ORF8), les régions les plus variables des virus de civette et de l'homme. En outre, il existe une insertion de 29 bases au niveau du génome d'ORF8 du bat-sras-CoV, absente dans les virus humains, ce qui suggère l'existence d'un ancêtre commun avec le virus des civettes ». Les prélèvements sanguins effectués chez ces 59 chauves-souris ont permis de retrouver des anticorps recombinants dirigés contre les protéines nucléocapsidiques du bat-sras-CoV chez 84 % des animaux. D'autres anticorps, dirigés, eux, contre le sras-CoV humain, ont aussi pu être détectés chez certains animaux, mais à un taux plus faible.
Les auteurs concluent que « la manipulation de ces animaux doit désormais s'accompagner de précautions anti-infectieuses afin de limiter le risque de passe viral à l'homme ».
« Proc Natl Acad Sci USA », édition avancée en ligne.
Médecine et cuisine
Seul mammifère volant, les chauves-souris représentent 20 % des 4 800 espèces de mammifères recensés sur terre. Des analyses ont permis de détecter chez ces animaux de nombreux virus de zoonoses émergentes : rage, lyssavirus, virus Hendra et Nipah, virus de l'encéphalite de Saint-Louis. Les excréments de chauve-souris ( Excremetum vespertilionis) sont utilisés dans la médecine traditionnelle chinoise. En Malaisie et en Indonésie, la viande de chauve-souris est considérée comme un mets délicat. En Chine, il est traditionnellement admis que cette viande permet de lutter contre l'asthme, les maladies rénales et les malaises généralisés.
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